真菌毒素是真菌在食品或饲料里生长所产生的代谢产物，对人类和动物都有害。真菌毒素造成中毒的最早记载是11世纪欧洲的麦角中毒，这种中毒的临床症状曾在中世纪的圣像画中描述过。由于麦角菌的菌核中会形成有毒的生物碱，所以这种疾病至今仍称为麦角中毒。急性麦角中毒的症状是产生幻觉和肌肉痉挛，进而发展为四肢动脉的持续性变窄而发生坏死。

目前已经知道，吃了用发霉的粮食做的面包会生病。这一广泛流行的中毒现象，在欧洲先被称为“灵火”，后来又称为圣安东尼之火。造成较大社会影响的真菌毒素中毒事件有1913年俄罗斯东西伯利亚的食物中毒造成的白细胞缺乏病，1952年美国佐治亚州发生的动物急性致死性肝炎和1960年英国发生的火鸡大量死亡。我国50年代发生的马和牛的霉玉米中毒和甘薯黑斑病中毒、长江流域的赤霉病中毒、华南的霉甘蔗中毒等。真菌及其毒素与癌症的发生有密切的关系。癌症的高发地区与食物中带染真菌和存在真菌毒素有关。

真菌毒素污染大米可造成黄变米，即失去原有的颜色而表面呈黄色的大米，主要由黄绿青霉、岛青霉、橘青霉等霉菌的侵染造成。黄绿青霉可产生神经毒素，急性中毒表现为神经麻痹、呼吸麻痹、抽搐，慢性中毒表现为溶血性贫血。岛青毒产生的黄天精和环氯素引起肝内出血、肝坏死和肝癌。橘青霉产生的橘青霉素毒害肾脏。有一些出血综合症也是由真菌毒素引起。如拟分枝镰刀菌和梨孢镰刀菌产生的T2毒素，其急性症状为全身痉挛，心力衰竭死亡；亚急性或慢性中毒常表现为胃炎，恶心，口腔、鼻腔、咽部、消化道出血，白细胞极度减少，淋巴细胞异常增大，血凝时间延长等。葡萄状穗霉菌产生的毒素引起皮肤类和白血病症状，初期症状是流涎，鄂下淋巴肿大，眼、口腔粘膜、口唇充血，继而粘膜龟裂。开始白细胞增多，继之血小板白细胞减少，血凝时间长，许多组织呈坏死性病变，造成死亡。